Las estancias de los Braun y los Menéndez se conformaron al alero de la política de colonización ganadera. Sin embargo, las tierras habían estado ocupadas históricamente por los selk'nam, lo que ocasionó violentos enfrentamientos.

La Comisión de Verdad Histórica y Nuevo Trato se refiere a las prácticas implementadas por los estancieros:

"La Sociedad Explotadora de Tierra del Fuego impulsó una práctica más agresiva en contra de los indígenas, ya que al ocupar la totalidad del territorio que le correspondía, y que era el centro del territorio selk'nam, introdujo ganado, erigió centros de trabajo y cercó los campos, restringiendo la movilidad de los pobladores originales" (2008: 495).

Los selk'nam cazaban guanacos, pero las estancias desplazaron esta especie a zonas más australes para destinar los pastos a la crianza de ovejas.

La desaparición de su presa tradicional y la ocupación de sus cotos de caza motivaron a este pueblo a matar los animales de los estancieros, a los que llamaron "guanaco blanco".

Para expulsarlos de las estancias, los ganaderos implementaron estrategias agresivas contra los Selk'nam:

"Para resguardar su propiedad la Sociedad contrató personal especializado para vigilar a los indígenas imponiendo una verdadera política de guerra (…) Este personal junto al de otras estancias sería el responsable directo, al menos, de la muerte de más de 300 indígenas" (Informe de la Comisión de Verdad Histórica, 2008: 496).

Por orden de Menéndez, el administrador de la "Primera Argentina" Alexander Mc Lenan fue unos de los principales ejecutores de estas matanzas.

Para detener las muertes, en 1894 el sacerdote José Fagnano propuso a la Sociedad Explotadora pagar por cada indígena enviado a la misión salesiana de la Isla Dawson, pero la iniciativa no logró los resultados esperados.

Muchos selk'nam se resistieron a ir a la misión porque significaba dejar sus tierras, y continuaron los castigos, persecuciones y expediciones para aniquilarlos.

Los que aceptaron trasladarse no corrieron mejor suerte, pues este grupo fue mermado por sífilis, tuberculosis y otras enfermedades que adquirieron dentro del recinto religioso.

En 1896 un grupo de selk´nam arrestado por robar ganado mató a sus guardias. Mauricio Braun usó este hecho para solicitar protección militar y reanudar las persecuciones.

Denuncias de diarios de Punta Arenas ilustraron esta acción:

"La voz pública acusa en Punta Arenas a aquellos empleados i sus jefes superiores de crueles e innecesarias vejaciones cometidas en las personas de los indios i de sus mujeres i aún de odiosos asesinatos perpetrados con refinada maldad para evitar aquellas depredaciones" (Borrero, 2001: 727).